Вы создали презентацию, написали текст статьи или отчета.
Начальнику не понравилась форма графиков, цвет заливки, величина шрифта и т. п…
В дополнение коллеги принеcли вам исправленные файлы с первичными данными…
Все документы надо срочно переделывать…
Выход из этого кошмара — создание RMD-документа.
Ваши коллеги работают под Linux и Windows, а вы предпочитаете Mac OS.
Продукт вашего совместного творчества должен читаться на любом компьютере.
Основа плодотворного сотрудничества — работа с RMD-документами.
Вы ученый-иследователь.
В статьях, которые вы читаете, видна лишь вершина айсберга: характер данных, процедуры анализа, способ построения таблиц и графиков остаются в тени.
Вас не оставляет чувство сомнения в правоте автора статьи, так как нет возможности воспроизвести те действия с данными, которые произвел автор.
Выход из этого — стать сторонником идеи Reproducible research
Воспроизводимое исследование — это анализ, который может быть воспроизведен на основе тех же данных любым другим исследователем.
Воспроизводимое исследование не надо путать с воспроизводимостью результатов!
Критерии воспроизводимого исследования
Лучшее средство для представления своих результатов как воспроизводимого исследования — это создание RMD-документов.
RMD-документы — это документы, созданные с использованием языка разметки R Markdown.
Текст RMD-документа передается функции knit() из пакета knitr.
Эта функция создает итоговый документ в том формате, который указан в заголовке RMD-документа (html, pdf, docx).
Чанк — это исполняемый код, встроенный в текст.
Вставка чанка в RStudio: Ctrl+Alt+I
knitr в окне браузера
knitr с новыми параметрами чанка
echo — Приводить ли код из чанка в документе, который получится в результате работы knitreval — Запускать ли код, приведенный в чанкеfig. — Набор параметров для регуляции положения и размера рисунковwarning — Выводить ли в итоговый документ предупреждающие сообщения функций